In 2000 krijgt de VRT de opdracht van de Vlaamse overheid om het voortouw te nemen in de uitbouw van een e-servicenetwerk in Vlaanderen. Op 2 december wordt Radio 3 opgevolgd door Klara.

Bert De Graeve en minister van Media Dirk Van Mechelen ondertekenen een nieuwe beheersovereenkomst en er komt een nieuw logo. De onderzoeksprojecten IO en MPEG gaan van start. En de Thuis-fanaten kunnen genieten van een spannende duizendste aflevering.

In februari gaat het proefproject IO van start en in de zomer volgt Tony Mary Bert De Graeve op als gedelegeerd bestuurder.

In 2003 lanceert de VRT het nieuwe digitale nieuwskanaal vrtnieuws.net. De VRT zet zijn rol van innovatieve motor ook verder met de onderzoeksprojecten Advanced Media en Vlaanderen Interactief. In 2003 startte ook het jubileumjaar van 50 jaar televisie.

Tijdens de zomer van 2004 pakt de VRT uit met het crossmediale project Sporza. Ook na de zomer blijft Sporza bestaan als roepnaam voor alle sportprogramma's van VRT. In het najaar lanceert de VRT Ketnetkick en de internetradiospeler.